1. ограниченный выбор среди свободных программ
Х#ясе... а более чем сто гиг софта только для SUSE ?!
2. плохое взаимодействие с другими платформами, особенно Windows;
А при чём тут винда ? 
)
Что касается линя, то многие пакеты одного дистрибутива можно использовать в разных дистрах, и после некоторой достаточно несложной переделки - в "несовместимых" дистрах тоже.
Опять таки, в лине можно запускать практически все виндовые проги (wine, sedega), а вот в винде тот прохвессор хер запустит хоть один линуксячий пакет , так что с чем и что хреново взаимодействует - это ещё тот вопрос.
Вспомнилось : когда-то на форуме дндз мне сказали, что линукс - хреновая операционка, потому что в ней есть эмуляторы винды . Я ответил, что в таком случае винда ещё более херовая ОС (да простится мне это слово по отношению к ней), потому что в ней есть эмуляторы Нинтендо, Атари, Сони Плейстейшн, Коммодор...
3. трудность в использовании (редактирование файлов конфигураций, написание скриптов, редактирование исходного кода и перекомпиляция);
А что здесь сложного ? И что, в винде не надо редактировать многочисленные Options, Configurations и пр. ? Если профессор этого не знает (не умеет), то он таки лопух.
У меня ребёнок позвонил мне на работу и спросил, как ему запустить War Craft в лине, я посоветовал "цедегу". Он запустил, сказал, что прога англоязычная, и есть несколько вариантов перевода - какой выбрать ? Посоветовал ему перевод от Acid Jack... всё, дальше он всё сделал сам и игрался до моего прихода с работы - сказал, что было несложно. Наверное, у него IQ выше, чем у "профессора", да ?
4. более высокая стоимость установки, использования и поддержки;
Ну, профессор прав - по большому счёту, мне приобретение линукса обходится дороже винды 
- эта достаётся даром.
5. недостаточная функциональность некоторых программ;
Ага... а как насчёт недостаточной функциональности самой винды ? Которая падает просто потому, что сегодня четверг ?
6. коммерческие компании прислушиваются к просьбам своих клиентов и быстро добавляют в свои программы
необходимые возможности, а для свободного ПО надо дописывать код самому или просить сообщество;
Угу. Пусть профессор попросит написать новый плагин к фотошопу или выпустить патч для закрытия какого-то глюка винды, или заменить кнопку "Отмена" в Nero Burning Rom на "Испортить диск"... и "засечёт календарь", а в OpenSource патчи выпускаются гораздо быстрее именно в силу открытости софта, я уж не говорю о том, что любой программер может отредактировать найденный баг.
8. отсутствие инноваций и поддержка устаревших архитектур;
Это смотря что ещё устарело... 3D-desktop был в лине ещё в середине 90-х, а в висте его расхваливают аки "инновацию" - я уже молчу про то, что не в каждой версии висты он вообще доступен .
Меню винды, начиная с ХРени, тупо спёрто из KDE, плюс некоторые красивости тоже... ээээ... "портированы" . А когда появился многовкладочный IE, я вообще молчу .
Что касается собственно "устаревших архитектур" в смысле железа, то практически каждый *NIX сможет работать на i486 (без гуёв, есессссно), кроме того, лично я не вижу необходимости апргейдить железо в связи с выходом нового дистрибутива 
, плюс знаю людей, которые до сих пор сидят на первых-вторых пентиумах и ДОВОЛЬНЫ - если не играться, то этого железа под линем вполне достаточно для работы, инета, музыки и т.п. Далеко ходить не будем - на том же Лафоксе не так давно человек радовался своему приобретению - двухпроцессорному P233 для дома.
9. постоянные проблемы с интеллектуальной собственностью;
А какие проблемы ? Если человек согласен с GNU/GPL, чего ещё ему надо ?
10. проблемы с безопасностью - исходный код и алгоритмы защиты открыты для изучения;
Надо же... а в винде "исходный код и алгоритмы защиты закрыты для изучения", и проблем с безопасностью на ПОРЯДКИ больше.
11. отсутствие гарантий - нет конкретной компании, отвечающий за продукт;
Как это ? Есть вполне конкретные компании - Mandriva, Novell... и коробочные дистрибутивы укомплектованы намного лучше, нежели мелкомягкие - в т.ч. и руководствами (по установке, по эксплуатации).
12. фальшивость термина 'open' - многие проекты спонсируются крупными фондами и компаниями;
А в чём фальшивость-то ? Продукт можно как купить на дисках, так и бесплатно скачать - в т.ч. и т.н. "коммерческие дистрибутивы".
И слово 'open' означает не "бесплатность", а именно "открытость" исходников.
И прохвессор противоречит сам себе - если "крупные фонды и компании" всё-таки спонсируют Open Source Project, стало быть, их аналитики почему-то не видят "фальшивости", и сей продукт востребован, верно ?
Это так, навскидку... а вАще - "профессор лопух, мозги не при нём" !
"Волшебная палочка может не больше того, на что способен её владелец. Просто некоторые волшебники обожают хвастаться, что их волшебная палочка длиннее и лучше, чем у других..."
© Из книги о Гарри Поттере.
